Wirginia. Dwóch niezidentyfikowanych osobników uprowadza agentkę FBI Monikę Bannan sprzed jej domu. Miejscowa policja nie ma żadnych poszlak poza tajemniczą postacią pojawiającą się przy autostradzie. Funkcjonariuszom w poszukiwaniu kobiety pomaga Joseph Crissman, były ksiądz skompromitowany w związku z zarzutami o pedofilię. Gdy śledztwo nie przynosi rezultatów, Dakota Whitney, zastępczyni naczelnika terenowego biura FBI, zwraca się o pomoc do Foksa Muldera - byłego agenta nieistniejącej jednostki Archiwum X, o którym wiadomo, że miał do czynienia z osobami posiadającymi paranormalne zdolności. Muldera nie jest łatwo znaleźć, gdyż od sześciu lat ukrywa się przed aresztowaniem pod zarzutem spisku. FBI postanawia skontaktować się z nim poprzez Danę Scully, z którą przez lata przyjaźnił się i pracował. W zamian za pomoc w rozwikłaniu zagadki, FBI obiecuje Mulderowi wycofanie oskarżeń pod jego adresem.