Serial jest kontynuacją filmu "Gwiezdne Wrota". Kolejne odcinki ilustrują wyprawy do innych światów przy wykorzystaniu wrót nadzorowanych przez wojskowych. Wrota działają tu w obie strony i mogą przez nie przebywać również przybysze z innych wymiarów: zarówno dobrzy, jak i siejący zagładę. Wyprawami dowodzi pułkownik O'Neil (Richard Dean Anderson).Statek, na pokładzie którego znajduje się Klorel i SG-1, ląduje na orbicie ziemskiej. Cała jego załoga zostaje wzięta do niewoli. SGC dostaje informację o obecności obcego statku, oraz o innym, którym podróżuje Goa'uld Apophis. Porucznik Bert Samuels próbuje przekonać Hammonda, że jego plan odpalenia rakiet w kierunku okrętów jest najlepszym rozwiązaniem. Załoga SG-1 zostaje tymczasem uwolniona przez buntownika Jaffa, Bra'taca. Po tym jak plan Samuelsa nie odnosi skutku, SG-1 i Bra'tac próbują zniszczyć oba statki i powstrzymać inwazję.