Perypetie tchórzliwego psa Scooby'ego Doo oraz jego przyjaciół - Kudłatego, Freda, Daphne i Velmy. W trakcie wakacji młodzi detektywi wyruszają w niezapomnianą podróż Wehikułem Tajemnic. W jej trakcie podejmują się rozwiązania zagadek kryminalnych, w których dużą rolę odgrywają wątki paranormalne.Rozpoczyna się proces sądowy, w którym Fred jest oskarżony o to, że w rzeczywistości stoi za wszystkimi rozwiązanymi zagadkami. Daphne w roli jego adwokata wraca pamięcią do wydarzeń do lat 50. ubiegłego wieku, kiedy w opuszczonym z powodu toksycznego wycieku mieście grasował groźny toksyczny mutant.