Serial jest kontynuacją filmu "Gwiezdne wrota". Kolejne odcinki ilustrują wyprawy do innych światów przy wykorzystaniu wrót, nadzorowanych przez wojskowych. Wrota działają tu w obie strony i mogą przez nie przebywać również przybysze z innych wymiarów: zarówno dobrzy, jak i siejący zagładę. Wyprawami dowodzi pułkownik O'Neill (Richard Dean Anderson).Amerykański rząd podjął decyzję o ostatecznym zamknięciu gwiezdnych wrót, nie zważając na ostrzeżenia Daniela o przygotowywanym ataku Goa'uldów na Ziemię. Uzbrojona załoga SG-1 ignoruje płynące z góry rozkazy i wyrusza na nieautoryzowany rejs przez gwiezdne wrota do miejsca zbliżającego się ataku. Lądują na statku Goa'uldów, gdzie znajduje się Skaara. Był on kiedyś młodym Abydonianem, przyjacielem O'Neill, w którego ciele zadomowił się teraz Klorel, syn Apophisa. Czy pod skorupą Klorela, znajdują się resztki człowieczeństwa Skaary?