Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.Na Ziemi młoda kobieta opracowała niezwykle ważny dowód matematyczny. Okazuje się, że jest to Jeannie, siostra McKaya. Rodney wraca na Ziemię, aby zabrać ją do Atlantis. Tymczasem pojawia się inny Rodney z równoległego wymiaru.