Mija kilka lat od pokonania ogromnych rekinów, które wydostały się z głębin oceanicznych. Jonas Taylor pracuje dla instytutu oceanologicznego Jiuminga Zhanga, ale zwalcza firmy zatruwające środowisko. Mężczyzna bierze udział w wyprawie badawczej, podczas której wraz z grupą nurków schodzi w głąb oceanu. Jonas i jego towarzysze, w tym siostrzenica Zhanga, Meiying, odkrywają tam prehistoryczną faunę. Gdy na dodatek okazuje się, że korporacja wydobywcza przeprowadza tam nielegalne odwierty, powstaje chaos, w którego wyniku trzy megalodony, do tej pory oddzielone od świata ludzi barierą, korzystają z okazji, by poszerzyć swoje terytorium łowieckie. Za cel obierają sobie kurort Fun Island. Za nimi zjawiają się tam również inne prehistoryczne drapieżniki.